全书共分五个部分,下又分十二章(包括导言),每章分四至六节,每节下又分数小节,部分小节又再细分。从一方面,这种树状结构可说层次分明,逻辑谨言,体大思精;另一方面,或许有过于琐碎,疏略重点之可能。总体而言,该书叙述遵循线性时间逻辑,围绕科学在中国的发展展开讨论,是一部明清中国科学发展史。作者于该书出版次年(2006),继而出版其节本 A Cultural History of Modern Science in China (《中国近代科学的文化史》,上海古籍出版社,2009年)。节本作为教科书或科普性质的作品,内容上有所节略,结构有部分调整,但亦可清楚见到《科学在中国》与之在叙述逻辑上的一致性。03-09
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